O The Eccentric Opera começou em 1992, fundado por Nami Sagara e Nahoko Kakiage. As duas haviam acabado de ser formar na Universidade Nacional de Artes e Música de Tóquio, Nami nos vocais (soprano) e Kakiage na composição. Elas decidiram batizar o grupo com o nome Opera, mas logo mudaram para The Eccentric Opera.
Seu primeiro lançamento aconteceu em 1996, o álbum The Eccentric Opera. Esse é seu álbum mais bizarro, cheio de músicas dance e imagens relacionadas a S&M. Um terceiro membro, o tenor Yutaka Kawashima, se uniu ao grupo e participou de um álbum, mas logo deixou o The Eccentric Opera, que se tornou uma dupla mais uma vez.
Em 1997 elas lançaram seu segundo álbum, Hymne, considerado seu melhor trabalho até hoje. Menos bizarro do que seu primeiro álbum, este agradou mais às pessoas. O desenvolvimento de suas habilidades e técnicas podia ser visto na aprimorada mistura de aspectos clássicos e techno de suas músicas. Além das novas versões de músicas clássicas, o álbum também conta com uma música composta pela própria Nahoko Kakiage, com letras tiradas de três poemas de diferentes autores.
No final de 1997 a dupla lançou o mini-álbum Noel, que mostrou um lado completamente novo. Como o nome sugere, o mini continha várias versões de músicas de Natal. Em contraste com as músicas eletrônicas e dançantes de seus lançamentos anteriores, que são bastante excêntricas, o álbum de Natal mostrou um lado mais gentil da dupla. As composições são bonitas, os arranjos melhoraram e a agradável voz de Nami finaliza a combinação.
Paradiso foi o álbum seguinte, lançado em 1998 e um pouco semelhante a Hymne. Com esse álbum, o The Eccentric Opera alcançou mais pessoas, especialmente quando duas de suas músicas fizeram parte da trilha sonora do anime "Nazca". Ai no Fugue, uma nova versão de Fuge em g-moll, de Bach, recebeu atenção especial por ter sido usada como tema de abertura.
As duas permaneceram em silêncio por um bom tempo, até que, em 2001, lançaram um novo álbum, Yorokobi. Depois disso encerraram suas atividades juntas. Seu último lançamento como The Eccentric Opera aconteceu em 2004, um álbum best of, e desde então elas têm trabalhado em projetos solo.
