1995 lernten sich die in Tokio geborene Ami Onuki und die aus Osaka stammende Yumi Yoshimura über Talentsucher in Tokio kennen. Ami nahm ein Demotape für SONY, die nach Sängern suchten, auf und Yumi bewarb sich bei einer Managementfirma, die nach diversen Künstlern (Schauspieler sowie Musiker) suchten. Nachdem Ami ihr Tape an das Label geschickt hatte, war sie skeptisch über den Ausgang: "Ich wartete auf den Ablehnungsbrief, um zu sehen, was sie als Entschuldigung vorbringen würden", erzählte sie einem US-Reporter. Es stellte sich heraus, dass Ami, nachdem sie mit Yumi verkuppelt wurde, genau das war, was sie suchten. Ami und Yumi passten unglaublich gut als Sängerinnen zusammen und bauten eine Beziehung zueinander auf, die über eine rein professionelle hinausging. Man könnte das Duo fälschlicherweise für Geschwister halten, wie The Roches oder The Cowsills, einfach wegen der Art und Weise, wie ihre Stimme miteinander harmonieren. Sie schufen eine Single und damit auch sofort einen eigenen Sound.
1996 feierten PUFFY ihr Singledebüt. "Asia no Junshin" wurde in Japan millionenfach verkauft und startete so den PUFFY-Boom im eigenen Land. Amis und Yumis Vorliebe für abgetragene T-Shirts und raffiniert gerissene Jeans wurden zu einem oft kopierten Stil. Seitdem haben sie allein in Japan Millionen von CDs verkauft, eine TV Show Pa Pa Pa Pa Puffy geleitet, Konzerte in sehr großen Hallen gegeben, Actionpuppen inspiriert und sogar eine eigene Schuhlinie herausgebracht. All ihre Singles wurden für hochwertige Produktwerbespots wie Motorroller, Kosmetik, Computer und Softdrinks verwendet.
L.A. Weekly Kritiker Jay Babcock beschrieb sie folgendermaßen: "PUFFY sind eine moderne weibliche Version von the Monkees mit der Popularität von 'N Sync und der Hommage an die 90-er Kultfiguren von Pooh Sticks."
Normalerweise wird man 'N Sync und die Pooh Sticks kaum gemeinsam in einem Satz erwähnt finden, aber in der No-rules world von PUFFY ist nichts unmöglich. Das Duo trat erstmals im Jahre 2000 in den USA auf dem SXSW Music Festival in Austin, Texas auf. Als sie ihren ersten Heim-Longplayer "Spike" 2001 über SONY Music International veröffentlichten, stöberten amerikanische Kritiker durch ihre Vergleichskataloge und lobten das Duo mit Vergleichen von ABBA über Electric Light Orchestra und bis zu The Cardigans und STEREOLAB.
Im Mai 2002 veröffentlicht, enthielt "An Illustrated History" Lieder, die Ami Onuki und Yumi Yoshimura über die vorangegangenen fünf Jahre veröffentlicht hatten, viele davon mit dem ehemaligen Jellyfish Schlagzeuger Andy Sturmer und dem japanischen Rockstar Tamio Okuda. Während desselben Jahres, nachdem Pa Pa Pa Pa Puffy eingestellt wurde, konzentrierten sie sich auf ihren Auftritt in den USA, wo sie die Titellieder für die Zeichentrickserien Teen Titans und SD Gundum Force aufnahmen.
2006 veröffentlichten PUFFY viele Singles und ein paar Alben und kehrten für ihre Splurge Tour in die USA zurück. Im folgenden Jahr hatte das Duo eine weitere Tour mit dem Namen PUFFY TOUR 2007 HONEY SWEEPER an der Westküste und sogar einen Auftritt in Kanada.
Auch in 2008 war das Team nicht untätig. PUFFY veröffentlichten mit unter anderem "My Story" (6. August) ganze drei neue Singles. Außerdem nahmen die beiden Grazien am "We love Cyndi -Tribute to Cyndi Lauper-" Omnibusalbum teil.
Mit der Veröffentlichung von "Hiyori hime" Ende Februar 2009 ging es dann wieder Schlag auf Schlag. Auf die Single folgten zwei Alben und am 29. Juli ihre aktuelle Scheibe "Dareka ga".
Auf PUFFYs Material gibt es kein Mindesthaltbarkeitsdatum. In ihrer Welt ist alles möglich: Kein Stil ist tabu, keine Ära vergeht unerforscht und keine Kombination ist undenkbar. Alle Klänge, die sie lieben, koexistieren harmonisch an einem einladenden Ort.