Malice Mizer założyli, w sierpniu 1992 roku, Mana (gitara, syntezator) oraz Közi (gitara, syntezator). Wkrótce przyjęli do zespołu wokalistę Tetsu, basistę Yu~kiego oraz perkusistę Gaza. W tamtym czasie na ich muzykę duży wpływ miał gotycki rock z wczesnych lat osiemdziesiątych oraz muzyka klasyczna, zwłaszcza muzyka barokowa. Od początku znakiem szczególnym ich muzyki były "bliźniacze gitary", czyli dwie gitary grające różne melodie, które w połączeniu dawały właściwą partię gitarową piosenki.
W 1993 roku Malice Mizer wydali swą pierwszą piosenkę, Speed of Desperate, która pojawiła się na składance Brain Trash. Krótko po tym, Gaz opuścił zespół i został zastąpiony przez Kamiego (ex. Kneuklid Romance).
W następnym roku zespół wydał swój pierwszy album, Memoire, pod skrzydłami nowo powstałego wydawnictwa Many, Midi:Nette. Krążek szybko się sprzedał i kilka miesięcy później doczekał się kolejnego wydania, wraz z dodatkowym utworem, pod nazwą Memoire DX. Zaledwie kilka dni później wokalista, Tetsu, opuścił zespół, gdyż nie zgadzał się z koncepcją wprowadzenia układów tanecznych oraz odgrywania pantomim na scenie podczas koncertu. Jednakże wszystko przebiegło spokojnie, a Tetsu, współpracując z różnymi zespołami, zawsze utrzymywał przyjazne stosunki z innymi członkami Malice Mizer.
Zespół został zmuszony do rocznej przerwy, w trakcie której szukali odpowiedniego wokalisty. W końcu zdecydowali się przyjąć w tej roli Gackta (ex. Cains:Feel). Pod jego wpływem wizerunek Malice Mizer zmienił się diametralnie. Czarne koronki i różańce zostały zastąpione kolorowymi, historycznymi kostiumami, a ich muzyka stała się bardziej romantyczna z silnym wpływem muzyki klasycznej, a także techno i francuskiego popu.
W 1996 roku wydali swój drugi album, Voyage ~sans retour~, który promowany był w trakcie krajowej trasy koncertowej, na którą bilety były zupełnie wysprzedane. W 1997 roku podpisali kontrakt z wytwórnią major, Nippon Columbia. Pod jej skrzydłami wydali serię singli oraz, sprzedający się w oszałamiającym tempie, trzeci album, Merveilles, który debiutował na drugim miejscu listy Oricon. Nagrali również krótki film Verte Aile / Bel Air ~de l'image~, który kręcony był we Francji. Później zagrali kolejną trasę koncertową, na którą wysprzedano wszystkie bilety (bilety na koncert Merveilles w Nippon Budokan sprzedały się w dwie minuty!). Malice Mizer regularnie pojawiali się w różnych programach telewizyjnych, a także mieli swoją własną audycję radiową.
W styczniu 1999 roku Gackt opuścił zespół by rozpocząć solową karierę, a pokaźna część fanów Malice Mizer podążyła za nim. Powody tej decyzji są tajemnicą po dziś dzień. Gackt dawał wiele sprzecznych oświadczeń, w których podawał jako przyczynę podjęcia swej decyzji, między innymi, różnice pomiędzy zarządem a pozostałymi członkami zespołu. Malice Mizer zaś utrzymywało, iż Gackt opuścił zespół nagle, bez wcześniejszych wyjaśnień, a ich zarząd zamierza pozwać go za nie dotrzymanie warunków kontraktu.
Podczas, gdy fani i media wciąż dyskutowali o nagłym odejściu Gackta, Malice Mizer spotkała kolejna, tragiczniejsza strata- perkusista, Kami, zmarł nagle z powodu krwotoku podpajęczynówkowego, w wieku zaledwie 25 lat. Pozostawił po sobie garść piosenek, które zespół wydał jako część boxu, Shinwa, który poświęcony był pamięci Kamiego. Malice Mizer nigdy nie przyjęli na jego miejsce nowego perkusisty. Z zespołem grywali supportujący perkusiści, a na każdym kolejnym wydawnictwie Kami wymieniany był jako "wieczny brat krwi".
W drugiej połowie 1999 roku, Malice Mizer powrócili do wytwórni indies Midi:Nette, należącej do Many, i wciąż bez wokalisty rozpoczęli pracę nad nowym materiałem. Porzucili romantyczne, popowe brzmienie na rzecz połączenia muzyki klasycznej z gotyckim rockiem i metalem, a tym samym powrócili do swych korzeni. Ich wizerunek również uległ zmianie i kostiumy z epoki zostały zastąpione bogatym, ponurym, gotyckim wyglądem.
Latem 2000 roku, Malice Mizer wydali czwarty album, Bara no Seidou, na którym przedstawili publiczności swojego trzeciego i ostatniego wokalistę, Klahę (ex. Pride of Mind). Wkrótce po wydaniu albumu zespół zagrał swój najbardziej spektakularny koncert. Dwudniowa impreza, która odbyła się w Nippon Budokan, bogata była w efekty pirotechniczne, a muzycy występowali w naturalnej wielkości replice gotyckiej katedry, stworzonej jako dekoracja sceny w asyście chóru zamaskowanych zakonnic.
W 2001 roku zespół wystąpił w filmie o wampirach, Bara no Konrei, wydał trzeci singiel oraz rozpoczął pracę nad kolejnym albumem, jednak mimo tego Malice Mizer wypalił się. Do tej pory muzycy pracowali zawsze zgodnie z pierwotną koncepcją zespołu, starając się odpowiedzieć na pytanie "co jest ludzkie?", jednak poczuli, że to ich ogranicza. W grudniu 2001 roku, po niemal dziesięciu latach wspólnego grania, zdecydowali się rozstać i podążyć w różnych kierunkach.
Klaha rozpoczął karierę solową. Mana zaangażował się w swój projekt Moi dix Mois i stworzył swą własną markę odzieżową Moi-même-Moitié, w której projektował w stylu gothic lolita. Közi dołączył do gotyckiego zespołu Eve of Destiny i także rozpoczął karierę solową. Dalsze losy Yu~kiego pozostały nieznane aż do roku 2004, kiedy pojawił się jako współtwórca solowej piosenki Köziego, jednak później znów zniknął ze sceny muzycznej.
W późniejszych latach, Mana, podpisał kontrakty z europejskimi wytwórniami, dzięki którym w wielu europejskich krajach ukazały się niektóre wydawnictwa Malice Mizer.
