Początki Mr.Children to grupka szkolnych przyjaciół, która utworzyła zespół Beatnik. W pierwotnym składzie znaleźli się Sakurai Kazutoshi (wokal), Tahara Kenichi (gitara) oraz Nakagawa Keisuke (gitara). Trochę później przyłączył się do nich także Suzuki Hideya (perkusja) a grupa zmieniła nazwę na Mr.Children.
Na początku ich twórczość była zorientowana politycznie i poruszała wiele trudnych tematów. Ich debiut major miał miejsce w 1992 roku. Wtedy to ukazał się album Everything, a piosenka CROSS Road została wykorzystana jako opening popularnego serialu. Wydany w 1994 Innocent World wygrał kilkanaście nagród muzycznych a ich kolejne wydawnictwo, album Atomic Heart, okazał się niesamowitym sukcesem. Od tamtej pory do czołówki list przebojów trafiało jeszcze wiele wydawnictw Mr.Children.
Po pewnych nieporozumieniach, grupa zmieniła wytwórnię. Ich nowy producent, Kobayashi Takeshi, miał wiele pomysłów na koncepcje ich tras i pomógł im wkroczyć na ścieżki jeszcze większego sukcesu, które w efekcie zaowocowały kilkoma koncertami w Nippon Budokan. Kiedy już na dobrze zadomowili się w nowej wytwórni, Mr.Children zaczęli komponować wiele nowych piosenek, i to z tego właśnie okresu pochodzi ich najbardziej popularne i znane nagranie, Tomorrow knows. Zespół wydał wtedy także taśmę wideo, zawierający dokumentację ich dotychczasowej historii.
Mr.Children aktywnie uczestniczyli w walce przeciw AIDS i często udzielali się na imprezach charytatywnych. Grupa ruszyła w kolejną trasę, podczas której grała wiele coverów, m.in takich artystów jak The Rolling Stones czy Bob Dylan. Następnie, wzięli sobie trochę wolnego, aby udać się do Ameryki i Europy. Na scenę powrócili w 1996 roku, wydając nowy singiel aniedługo potem także album, Shinkai. Album ten miał być testem popularności i zdał ten test na piątkę, sprzedając się w ponad 3 milionach egzemplarzy.
W 1997 roku ukazał się album Bolero i choć zawierał 11 piosenek, 5 z nich ukazało się już wcześniej na singlach. Album wydawał się być rodzajem 'best of' co spowodowało pojawienie się plotek na temat rozpadu zespołu. Jednak zamiast rozstawać się na dobre, członkowie grupy postanowili zrobić sobie małą przerwę. W tym czasie Nakagawa i Suzuki stworzyli projekt sesyjny, w którym udział wzięli także członkowie The Pillows i MY LITTLE LOVER. Przerwa trwała niespełna rok, a tuż po jej zakończeniu Mr.Children wydali dwa single oraz album. Ich ogólne brzmienie i wizerunek zdążyły się nieco zmienić na przestrzeni czasu, a mając czas na przemyślenie pewnych rzeczy, grupa postanowiła powrócić do orginalnej koncepcji. Ze swoich występów pozbyli się m.in. zbytnio wymyślnych dekoracji czy pokazów świetlnych, przywracając tym samym centralną rolę muzyce.
W 1999 zespół zaczął aktywnie udzielać się na imprezach i muzycznych show oraz wydał DISCOVERY - pierwszy od niemalże dwóch lat album. Zaprezentował on nieco bardziej popowe oblicze grupy i był na prawdę udany biorąc pod uwagę ich przerwę w działalności. W następnym roku ukazał się kolejny album, ale niestety jego sprzedaż nie zbliżyła się nawet do sukcesu poprzednich albumów. W 2001 roku ukazały się dwie płyty 'best of' mające uczcić 10-lecie działalności Mr.Children, które ponownie spowodowały pojawienie się plotek na temat rozpadu zespołu. Za plotkami tymi nie kryła się jednak żadna prawda, i w sierpniu grupa wydała nowy singiel.
W maju 2002 ukazał się ich 10 album, It's a Wonderful World, który ponownie był raczej popową płytą. Album ten odnowił zainteresowanie zespołem wśród starych fanów oraz zdobył im kolejną grupkę nowych, dzięki czemu Mr.Children znów zawędrowali na szczyty list przebojów. Na lipiec zaplanowano sporą trasę koncertową, niestety z powodu nagłej choroby Sakurai została ona odwołana. Po jego wyzdrowniu, jeszcze przed końcem roku wydali kolejny singiel.
W 2003 roku Mr.Children spędzili trochę czasu w studio, ale dopiero we wrześniu ukazał się efekt tej pracy. Kolejny album ukazał się w kwietniu, a pochodząca z niego piosenka Shine została użyta w doramie Orange Days. Po nim zespół ruszył w dużą trasę, która wyprzedała się całkowicie. Latem 2005 odbyło się więcej koncertów, pojawiło się także więcej wydawnictw, zespół wziął też udział w dużej trasie koncertowej z wieloma innymi grupami. Utrzymując to zabójcze tempo, w listopadzie odbyli trasę po wielkich halach koncertowych.
W 2006 roku Mr.Children wzięli udział w kilku grupowych eventach oraz własnych trasach. W marcu ukazało się koncertowe DVD, a w maju i lipcu kolejne dwa single.
