Grupa została założona w 2000 roku przez wokalistę i gitarzystę Shina. Składu dopełnili basista Mai, perkusista Yuta, gitarzysta Atsushi oraz Ajo grający na w wadaiko, u-ky na koto i Nan-Zan na shakuhachi.
W 2001 roku zespół wydał swój pierwszy album, Darkends, który trafił na pierwsze miejsce w notowaniu Metal Charts na stronie MP3.com, prześcigając nawet artystów jak Marilyn Manson czy Slipknot. Za pośrednictwem tej międzynarodowej strony internetowej o HeavensDust usłyszano w Europie i Ameryce, dzięki czemu grupa mogła supportować wiele znanych zespołów.
Trzeci album HeavensDust, Higher Than Heaven, Louder Than God, miał w 2005 roku międzynarodową premierę. Zespół ruszył w trasę z jedną z najbardziej prestiżowych grupą metalowych w Japonii, Yamaarashi. Pisano o nim w wielu muzycznych magazynach.
W 2006 roku HeavensDust miało swój wkład w soundtrack Tujiokiego Masato do "DIVIDE". W tym roku również piosenka Before I Die była nadawana w japońskim MTV, dzięki czemu popularność grupy w Japonii wzrosła.
W maju 2007 roku, nieco po wydaniu nowego albumu grupy, Without A Voice, basista Mai odszedł, by zająć się dzieckiem, które stało się ważną częścią jego życia. Skład zespołu się zmienił: Okaji został perkusistą, Zen zaczął grać na basie, a Hisashi na gitarze.
Shinsaku zapowiedział za pośrednictwem MySpace, że zespół podpisał umowę z amerykańską wytwórnią Hensley Music Group. Było to w lipcu 2008 roku, grupa pracowała wtedy nad albumem z remiksami. Zmiana wytwórni wymusiła kolejne zmiany składu, Ajo, Hisashi i Nan-Zan opuścili zespół, a reszta członków przeniosła się do Stanów Zjednoczonych. Hideki został zatem gitarzystą, do grupy dołączył jeszcze Take grający na taiko (japońskich bębnach) oraz Dai grający na shakuhachi (japońskim flecie).
W czerwcu 2009 roku Kazuha, który był w zespole do 2006 roku, również odszedł z zespołu, pozostawiając Shinowi pozycję wokalisty. Wkrótce po tym do grupy dołączyli basista HAL oraz gitarzysta 5hiNo', podczas gdy imiona Zena i Hidekiego zniknęły z listy członków.
Zespół działał dalej, ale w ślimaczym tempie. W 2010 roku przez sklep iTunes wydano mini album To All The Things I've Lost. Nieco później zespół znów stał się kapelą sześcioosobową, bo Ajo powrócił.
W 2011 roku HAL opuścił HeavensDust, by utworzyć własną grupę, Diana. Dołączył za to Kyoshi, nie tylko po to, by grać na basie, ale również na koto. W grudniu na oficjalnym Twitterze pojawiła się informacja, ze zespół pracuje nad nowym albumem.
