Kitaristi Mana bändin johtaja ja visuaalisen puolen suunnittelija ja hänen ystävänsä Közi perustivat Malice Mizerin elokuussa 1992. Pian he värväsivät basisti Yu~kin, laulaja Tetsun ja rumpali Gazin aloittelevaan bändiinsä. Gazin jäsenyys ei kuitenkaan ollut pitkäaikainen; tuskin puoli vuotta liittymisensä jälkeen hän jätti bändin ja Kami otti hänen paikkansa.
Tetsu säilytti roolinsa laulajana bändin ensimmäisen albumin, Memoiren (1994) julkaisuun asti, mutta joutui jättämään bändin samana vuonna. Syy välirikkoon on pysynyt tuntemattomana; jotkut väittävät Manan ärsyyntyneen Tetsun puutteellisista laulajankyvyistä, kun taas toisen teorian mukaan bändistä lähteminen oli Tetsun oma valinta, koska hän ei arvostanut heidän yhä teatraalisemmiksi käyvää esiintymistään.
Bändi omistautui uuden laulajan etsimiselle. He tarvitsivat jonkun, joka sopisi yhteen bändin perusidean kanssa ja kykenisi täyttämään jäsenten korkeat odotukset. Etsintä kesti odotettua kauemmin, mutta lokakuussa 1995 he löysivät hakemansa henkilön. Tämä henkilö oli Gackt.
Gackt toi mukanaan omia ideoitaan ja musiikkitietämystä, jotka omalta osaltaan edistivät bändin musiikillista kehitystä ja siten myös heidän kasvavaa suosiotaan. Gacktin kaudella Malice Mizer julkaisi levyt Voyage Sans Retour (1996) ja Merveilles (1998). Merveilles, bändin debyytti indie-skenen ulkopuolella, sai äärimmäisen paljon suosiota, ja bändin onnistui päästä korkeammalle kuin he olivat todennäköisesti uskaltaneet uneksiakaan. Malice Mizerista tuli nopeasti yksi Japanin suurimmista visual kei -yhtyeistä ja se inspiroi monia muita bändejä seuraamaan heidän jalanjäljissään. Valitettavasti Merveilles merkitsi kuitenkin myös bändin uran huippukohtaa. Vuoden 1998 lopussa, suuresta menestyksestä huolimatta, Gackt jätti Malice Mizerin.
Taas kerran Malice Mizer jäi ilman laulajaa, mutta todellinen tragedia vaani vielä nurkan takana. Vain muutama kuukausi Gacktin bändistä lähdön jälkeen, 21. heinäkuuta 1999, Kami menehtyi aivoverenvuotoon. Kamin kuolema oli kova isku bändille, mutta kolme jäljelle jäänyttä jäsentä tunsivat, että oli heidän velvollisuutensa Kamia kohtaan jatkaa taistelua. Kunnioituksesta edesmennyttä ystävää kohtaan Kamia ei koskaan korvattu uudella jäsenellä.
Bändi palasi indie-levy-yhtiölleen midi:nette:lle ja löysi vielä uuden laulajan, Klahan, joka oli mukana epävirallisena laulajana bändin neljännellä ja viimeisellä albumilla, Bara no Seidolla (2000). Bara no Seidon julkaisemisen jälkeen Klahalle tarjottiin Malice Mizerin virallisen laulajan asemaa. Hän kiitti ja yllätti kaikki, jotka eivät uskoneet, että Malice Mizer voisi löytää uuden laulajan, joka vetäisi vertoja Gacktille.
Kiertueen ja muutaman singlejulkaisun jälkeen (tarkkaan ottaen joulukuussa 2001) jäsenet päättivät lopulta lähteä eri teille ja yhdeksän vuoden jälkeen bändin toiminta lakkautettiin määrittelemättömäksi ajaksi.
Hajoamisen jälkeen kaikki paitsi Yu~ki (jonka sanotaan omistautuneen kappaleiden kirjoittamiselle) ovat osallistuneet muihin projekteihin. Mana jatkaa työskentelyä uuden bändinsä, Moi dix Mois'n kanssa, ja Közi on toiminut sekä Eve of Destinyn että oman sooloprojektinsa parissa. Bändin molemmat merkittävämmät laulajat, Gackt ja Klaha, ovat sooloartisteja, joskin Klaha on pitänyt urallaan taukoa vuodesta 2004 saakka.
