Berrie, nimi jolla kokoonpano kulki ennen The Mad Capsule Marketsia, syntyi vuonna 1985. Vokalisti KYONO sekä kitaristi Shin olivat vielä lukiossa, kun he perustivat Berrien, jonka päällimmäisenä ajatuksena oli soittaa cover-versioita 80-luvulla suositun BOOWY-yhtyeen kappaleista. Vuonna 1986 kokoonpano täydentyi rumpali Setolla sekä basisti Takeshilla ja yhtye soitti ensimmäisen konserttinsa viimeisen kouluvuotensa koulufestivaaleilla.
BOOWY ei toiminut bändin ainoana vaikuttajana, sillä KYONO ja Takeshi pitivät paljon myös japanilaisista punkbändeistä kuten YMO:sta, The Stalinista, Gauzesta, Aburadakosta sekä INUsta. Lukion loputtua Berry osallistui usein bändikilpailuihin ja onnistui pitämään paikallisia konsertteja. Uniikin tyylinsä ansiosta Berry kasvatti suosiotaan nopeasti, ja vuonna 1990 he esiintyivät ensimmäisessä isossa show'ssa soittamalla amerikkalaisen Red Hot Chili Peppersin rinnalla.
Valitettavasti vain neljä kuukautta myöhemmin Seto lähti bändistä tuntemattomista syistä. Motokatsu liittyi riveihin hänen paikalleen, jolloin bändi muutti samalla nimensä The Mad Capsule Marketsiksi. Nimenvaihdosta seurasi pian debyyttialbumi Humanity, joka ilmestyi heidän oman itsenäisen Insect Noise -nimisen levy-yhtiönsä kautta.
Pian ensimmäisen albumin jälkeen Shin jätti kokoonpanon ja hänet korvattiin Ishigakilla, joka oli jo aikaisemmin toiminut usein Berrien sijaisjäsenenä. Majorlevy-yhtiö Victor Records huomasi pian Humanity-julkaisun potentiaalin, minkä myötä The Mad Capsule Markets solmi major-levytyssopimuksen heidän kanssaan vuonna 1991.
Bändin ensimmäinen major-albumijulkaisu kantoi nimeä POP ja se koostui remasteroiduista Humanityn kappaleista sekä muutamasta uutuusraidasta. Seuraava julkaisu oli Capsule Soup -niminen EP, joka oli yhtyeelle merkittävä harppaus; bändi esitteli musiikissaan uusia konemaisia tehosteita. Tämän myötä he ajautuivat kauemmas yksinkertaisesta punkrock-tyylistä ja ryhtyivät kokeilemaan erilaisia soundeja ja tyylejä. Kokeiluvaihe jatkui heidän kahdella seuraavalla albumillaan Speak!:lla ja Mix-ismillä, jotka molemmat äänitettiin Englannissa. Max-ism on erityisen kiinnostava esimerkki yhtyeen kokeiluvaiheesta, sillä osassa kappaleista on kuultavissa jopa ska-henkisyyttä.
Vuonna 1994 ilmestynyt Park oli mitä luultavimmin The Mad Capsule Marketsin viimeinen, jolla oli vielä kuultavissa rippeitä bändin alkuperäisestä tyylisuunnasta. Park julkaistiin USA:ssa vuonna 1996 ja kyseessä oli kokoonpanon ensimmäinen julkaisu ulkomailla. Albumi teki lopullisen murron punk-musiikin ja bändin hardcore industrial tyylilajin välille. Tämä näkyi erityisesti seuraavalla levyllä, 4 Plugs, jossa kuuntelija kohtasi uuden, synkän, aggressiivisen, bassovoittoisen sekä elektronisen soundin, jonka aggressiiviset lyriikat olivat pääasiassa englannin kielellä.
Fanit ihmettelivät rennon rockin ja ironisen punktyylin katoamista. Kaikesta huolimatta 4 Plugs sai lämpimän vastaanoton ja levy kipusi Oricon-listan sijalle kymmenen. Kasvavasta suosiosta huolimatta Ishigaki erosi yhtyeestä vuonna 1996. Hän liittyi BOOWYn entisen kitaristin, Tomoyasu Hotein, uuteen bändiin, kun yksinkertaisesti nimetty The Mad Capsule Markets -albumi oli saapunut markkinoille. Virallisesti Ishigakia ei koskaan korvattu, vaikka näihin aikoihin TORUxxx soittikin hänen osuutensa.
Seuraava albumi Digidogheadlock oli suuri harppaus eteenpäin, vaikka arvostelijat luonnehtivatkin levyä bändin huonoimmaksi tuotokseksi koskaan. Albumi koostui vaimeasta bassosta, Takeshin taustalauluista sekä KYONOn omituisesta huutavasta laulutavasta, joka poikkesi täysin 4 Plugsin tyylistä. Kokopitkä sai kuitenkin positiivista kansainvälistä huomiota, kun se julkaistiin USA:ssa ja Saksassa. Atari Teenage Riot's, Alec Empire remiksasi The Mad Capsule Marketsin kappaleita Creature- ja Crash Pow-singlejulkaisuilla ja kutsui heidät lämmittelybändiksi Atari Teenage Riot -kiertueelle.
OSC-DISC (Oscillator In Disortion -julkaisu vuonna 1999 merkitsi bändin kahden logohahmon The White Crusherin ja The Cybornin syntymää. Hahmot nähtiin Pulsen musiikkivideolla, ja ne tulivat käyttöön bändin fanitavaroiden kuten hiirimattojen, t-paitojen sekä albumikansien logoiksi. OSC-DISC:llä kuultiin myös paljon tukivokalisteja kuten Balzacin Hirosukea, Geronimon Yamadaa sekä NND:n Katsyaa. Albumi julkaistiin Palm Entertainmentin kautta USA:ssa sekä Englannissa. Vuosien aikana bändi sai paljon positiivisia arvosteluja, mutta brittiläisen rock-lehti Kerrang!in tiimi tuli suorastaan The Mad Capsule Marketsin tosifaniksi ja tuki bändiä heidän Englannin-kiertueellaan, joka järjestettiin vuonna 2002. Lisäksi yhtye kutsuttiin esiintymään Download Festival tapahtumaan, jota sitemmin seurasi minikiertue USA:ssa.
Pulsen singlejulkaisua käytettiin supersuositun Tony Hawk Pro Skater 3 -konsolipelin yhteydessä ja se nousi Oricon-listan kärkikymmenikkoon. Vuonna 2000 Pulse julkaistiin myös Koreassa.
Vuosien 2002 ja 2004 välillä bändi otti osaa erinäisiin musikaaliprojekteihin. Esimerkiksi Motokatsu toimi auttava sijaisjäsenenä Anna Tsuchiyan Change Your Life -julkaisun äänityksissä, kun taas KYONO äänitti The Crystal Methodin kanssa raidan Legion of Boomin japanijulkaisulle. Lisäksi KYONO esiintyi yhdessä Joujoukan kanssa.
Vuoden 2004 lopulla The Mad Capsule Markets teki jälleen minikiertueen, tällä kertaa Englannissa. Heinäkuussa 2005 ilmestyi best of kokoelma nimeltä 1997 2004 sekä livealbumi 020120, joka oli nauhoitettu Zepp Tokyolla vuonna 2002. Molemmat julkaisut ilmestyivät maailmanlaajuisesti. Muutamia kuukausia myöhemmin tapahtui toinen kansainvälinen julkaisutempaus, kun CiSTm KonFLiqT -albumia levitettiin ympäri maailmaa.
Yhtye saapui jälleen kerran kiertueelle Englantiin ja bändi soitti vuoden 2005 Download Festival tapahtumassa Doningtonissa, jossa muina esiintyjinä nähtiin muun muassa Ozzy Osbourne, System of a Down ja Motorhead.
KYONOn 37-vuotissyntymäpäivänä, 31. maaliskuuta 2006, The Mad Capsule Markets ilmoitti vetäytyvänsä bändiaktiviteeteista määrittelemättömäksi ajaksi.
Sekä KYONO että Takeshi ovat perustaneet omat vaateketjut, WAGUDUGin ja FUZZ REZ ZWEEPin. KYONO on myös tehnyt yhteistyötä Slipknotin Sid Wilsonin kanssa sekä terästänyt DJ-taitojaan voidakseen luoda uran uuden WAGDUG FUTURISTIC UNITY -bändinsä kansssa.
Motokatsu jatkaa Rally-bändiprojektissa, jossa hänen lisäkseen vaikuttavat Glayn Hisashi ja Teru sekä Radio Carolinen UENO. Hän työskentelee parhaillaan myös Rhythmethod-projektin parissa.
