Matatabi (basso ja laulu), Kuroneko (laulu), Maneki (kitara) ja Karukan (kitara) perustivat Onmyo-zan Osakassa alkuvuodesta 1999. Pian mukaan liittyi rumpali Tora, ja bändin kokoonpano oli valmis. Ensimmäinen konsertti nähtiin Osaka Brand-new'ssä kesäkuun 20. päivänä, ja seuraavina kuukausina Onmyo-za esiintyi samassa paikassa useamman kerran. Joulukuussa he julkaisivat ensimmäisen kokopitkän albuminsa Kikoku Tensyon.
Seuraavana vuonna Onmyo-za alkoi saada huomiota osakseen. He soittivat ensimmäistä kertaa Tokiossa maaliskuussa. Keikkailu jatkui tasaisesti läpi vuoden, ja joulukuun 24. päivänä toinen albumi Hyakki Ryouran ilmestyi.
Kesällä 2001 Onmyo-za kirjoitti sopimuksen KING RECORDSin kanssa ja näin ollen siirtyi major-bändiksi. Ensimmäinen major-julkaisu, maxi-single Tsuki ni Murakumo hana ni kaze, julkaistiin joulukuussa. Tammikuussa 2002 julkaistiin Iron Maiden -tribuuttialbumi, jolla Onmyo-za, ainoana japanilaisena bändinä, soittaa The Trooper -kappaleen. Tätä albumia myytiin huikeita määriä ja varmasti vaikutti osaltaan Onmyo-zan kasvavaan suosioon. Keväällä he lähtivät ensimmäiselle koko Japanin kattavalle kiertueelleen.
Vuonna 2003 Onmyo-za soitti jälleen ainoana japanilaisena bändinä tribuuttialbumilla. Tällä kertaa Judas Priestin, joka onkin inspiroinut Matatabia paljon. Keväällä seurasi jälleen kiertue, josta ensimmäistä kertaa julkaistiin livetaltiointeja, CD Sekinetsu enbu ja DVD Hakko ranbu.
Tammikuussa 2004 kaksi ensimmäistä albumia julkaistiin uudelleen, samaan aikaan uuden singlen Nemurin kanssa. Maaliskuussa oli vuorossa viides uusi albumi, Mugen Houyuo. Julkaisua seurannut kiertue oli suuri menestys. Useat konsertit olivat loppuunmyytyjä.
Huhtikuussa 2005 julkaistua singleä Kouga Ninpocho käytettiin Basilisk: Kouga Ninpocho -animen tunnuskappaleena. Albumi Garyou Tensei ilmestyi paria kuukautta myöhemmin.
Syys-lokakuun vaihteessa 2005 Onmyo-za otti uuden askeleen urallaan, kun he soittivat ensimmäistä kertaa Japanin ulkopuolella: Belgiassa, Ranskassa ja Saksassa. Tämä minikiertue sujui hyvin ja sen aikana taltioitua materiaalia käytettiin helmikuussa 2006 julkaistun kokoelma-albumin, Inyou Shugyoukun, rajoitetun version mukana tulleena bonuksena. Euroopan ei tarvinnut pärjätä kauaa ilman tätä yhtyettä, sillä uudet konsertit Ranskassa ja Saksassa seurasivat jo vuoden 2006 lopussa.
Pienen hiljaiselon jälkeen Onmyo-za palasi jälleen levymarkkinoille kesällä 2007. Kesäkuussa ilmestyi single Kokui no Tennyo ja kuukautta myöhemmin kokopitkä levy Maoutaiten. Lähes sama kuvio toistui myös vuonna 2008; uusi sinkku Kureha tuli myyntiin elokuussa ja kokopitkä Chimimouryou kuukautta myöhemmin. Albumin julkaisun aikoihin alkoi koko loppuvuoden kestävä laaja Japanin-kiertue.
Seuraavaksi tammikuussa 2009 bändi julkaisee tuplasinglen Soukoku / Doukoku, jonka kappaleita tullaan käyttämään Nintendo DS:n pelin Inugami-ke no ichizokun aloitus- ja lopetustunnareina.
