Kun Tsunkun bändille Sharam Q:lle etsittiin naispuolista rockvokalistia koe-esiintymisessä japanilaisessa tv-ohjelmassa Asayanissa vuonna 1997, Morning Musume esiintyi ensimmäisen kerran. Koe-esiintymisen voitti Heike Michiyo, josta myöhemmin tuli Hello! Projectin sooloesiintyjä. Vain vähän aikaa koe-esiintymisen jälkeen Tsunku päätti muodostaa tyttöryhmän, joka koostui viidestä kilpailuun osallistajasta: Yuko Nakazawasta, Kaori Iidasta, Aya Ishiurosta, Natsumi Abesta ja Asuka Fukadasta.
Tsunku määräsi tytöille haasteen, jotta he voisivat todistaa kykynsä : heidän oli määrä myydä 50000 kappaletta demosingleään ai no tanea viidessä päivässä. Yllättävää kyllä, ryhmä saavutti tämän tavoitteen neljässä päivässä ja Tsunkun päättäväisyys kasvoi. Hän päätti luoda tytöistä yhden Japanin historian kuuluisimmista tyttöryhmistä ja antoi heille tanssi- ja laulutunteja hioakseen heidän lahjojaan.
Vuoden 1998 alussa tytöt olivat valmiita aloittamaan uransa ensimmäisellä virallisella singlellään, Morning Coffeella. Singlen menestyksen myötä ryhmään liittyi kolme uutta jäsentä: Kei Yasuda, Mari Yaguchi ja Sayaka Ichii. Vasta tyttöjen kolmas single daite! HOLD ON ME oli ykkösenä Oricon-listalla. Silloin ryhmästä myös 'valmistui' ensimmäinen jäsen; bändin johtaja Yuko Nakazawa lähti soolouralle.
Kolmannen sukupolven koe-esiintyminen pidettiin, jotta Morning Musumeen saataisiin kaksi uutta jäsentä, mutta loppujen lopuksi siihen liitettiin vain yksi tyttö, Maki Goto, joka oli vain kolmetoista ja siten nuorin ryhmän jäsenistä. Seitsemännen singlen, LOVE Machinen menestys lisäsi nyt Gotolla vahvistetun ryhmän suosiota idolina ja otaksuttavasti tehden Gotosta suosituimman jäsenen.
Vuonna 2000 Aya Ishiguro jätti Morning Musumen mennäkseen naimisiin LUNA SEAn rumpalin Shinyan kanssa. Nyt vähäväkisempi ryhmä julkaisi uuden sinkun, koi no Dance-Siten ennen neljännen sukupolven, johon kuuluivat Rika Ishikawa, Hitomi Yoshizawa, Nozomi Tsuji, ja Ai Kago, lisäämistä joukkoon. 12- vuotiaista Tsujista ja Kagosta tuli nyt ryhmän nuorimmaiset. Vuonna 2000 Hello! Project järjesti myös Summer Shuffle Unitsin, jossa kaikki projektin jäsenet sekoitettiin kolmeksi kesäryhmäksi.
Erittäin menestyvää Morning Musumea verrattiin suosiossa aiempaan tyttöidoliryhmään SPEEDiin. Vuoden 2001 lopussa neljä tyttöä (Ai Takahashi, Asami Konno, Makoto Ogawa ja Risa Niigaki) liittyi Morning Musumeen viidenneksi sukupolveksi LOVE AUDITION 21-koe-esiintymisessä, jolloin ryhmän koko kasvoi kolmeentoista jäseneen. Vuonna 2002 Maki Goto valmistui.
Kuudes sukupolvi syntyi vuoden 2003 alussa: Eri Kamei, Sayumi Michishige ja Reina Tanaka liittyivät Morning Musumeen. Onnistuneen esiintymisen taustatanssijoina uudenvuoden ohjelmassa Kōhaku Uta Gassen jälkeen Tsunku lisäsi kuudenteen sukupolveen myös Miki Fujimoton, jonka alun perin piti olla soololaulajana Hello! Projectilla. Ryhmän debyyttikonsertti oli myös Kei Yasudan valmistumiskonsertti ja Tsunku sanoi, että tämä kuudentoista hengen kokoonpano oli suurin, joka Morning Musumella tulee koskaan olemaan.
Myöhemmin vuonna 2003 Morning Musume jaettiin kahteen alaryhmään, Morning Musume Sakuragumiin ja Morning Musume Otomegumiin, jotta se voisi kiertää varsinkin pienissä kaupungeissa, joilla ei ollut mahdollisuuksia ottaa vastaan 15-jäsenistä esiintyjäseuruetta.
Seitsemännen sukupolven koe-esiintymisen nimi oli Lucky 7, joka viittasi sekä seitsemänteen sukupolveen, Morning Musumen seitsemänteen vuoteen yhdessä että seitsemään koe-esiintymispaikkaan pitkin Japania. Valittiin kuusi finalistia, mutta tammikuussa 2005 Tsunku päätti, ettei ketään heistä lisättäisi tyttöryhmään, sillä hänen odotuksensa olivat erityisen korkealla sinä vuonna. Helmikuussa aloitettiin toinen koe-esiintyminen seitsemättä sukupolvea varten. Tsunku huomautti, että hän etsi yhä erityisen taitavaa jäsentä. Viimein Koharu Kusumi valittiin ryhmän 'ihmejäseneksi'.
Tammikuun 16. päivä 2006 julistetiin, että Morning Musume oli voittanut Kanagawa Image Up Award-palkinnon kunnianosoituksena Hello! Projectin tukemalle saasteiden vastaiselle kampanjalle. Ryhmää edustivat palkinnonjakotilaisuudessa Yoshizawa, Fujimoto ja Takahashi.
Kahdeksannen sukupolven koe-esiintyminen järjestetiin Tokiossa 27.8.-22.10.
