Babamanian historia alkoi kun yhtyeen jäsenet olivat vielä kouluikäisiä. Idea yhtyeen luomisesta lähti Yujinilta. Etsiessään laulajaa yhtyeeseensä hän päätti pitää koelaulutilaisuuden koulullaan, ja osallistujien täytyi lähettää hänelle demonauha. Eri luokalla oleva Genki lähetti nauhan, ja kaksikko perusti pian metallimusiikkia soittavan cover-yhtyeen, jossa jatkoivat valmistumiseen asti.
Mari tuli mukaan kuvioihin muutama vuosi myöhemmin, lukioaikoina. Genkin ja Yujinin tavoin hän osallistui kilpailuun, jossa eri koulujen yhtyeet kilpailevat keskenään.
Genki ja Yujin olivat yhä rumpalia vailla, kun Yujinin ystävä mainitsi että hänen pikkuveljensä oli rumpali. Tapaaminen sovittiin, ja kyseinen pikkuveli, Daigo, liittyi pian yhtyeeseen. Babamania aloitti virallisesti vuonna 1992 mm. Nirvanan ja Red Hot Chili Peppersien musiikkia soittavana cover-yhtyeenä. Basisti Takeo tuli mukaan vuonna 1994, mutta koska monet Babamanian jäsenet päättivät lähteä vuodeksi opiskelemaan ulkomaille, yhtye jäi tauolle.
Vuonna 1996 Babamania kokoontui jälleen. He päättivät, että naisvokalisti toisi uutta särmää yhtyeeseen, ja ottivat yhteyttä Mariin, joka liittyi virallisesti mukaan vuonna 1997. Marin kanssa yhtye sai enemmän huomiota, varsinkin konserteissa. Samoihin aikoihin he myös muuttivat nimen Babamania kirjotusasun katakanoista länsimaisiksi kirjaimiksi.
Elokuussa 1998 Babamania lähti ensimmäiselle omalle kiertueelleen, Say baba tour. Mari osti New Yorkista lyhyen peruukin, jota hän piti lyhyen hameen kanssa keikoilla seuraavat pari vuotta. Genki loi myös oman tyylinsä; ilman paitaa, pitkä hame ja lenkkitossut. Yhtye työskenteli myös ensimmäisen julkaisunsa kanssa, ja minialbumi EP ilmestyi vuonna 2000. Pian tämän jälkeen he tekivät sopimuksen Imperial Recordsin kanssa, ja ensimmäinen major-statuksella tehty single, Pau Hana ilmestyi 19.7.2000. Vielä saman vuoden aikana ilmestyi levy Discord.
Takeo jätti yhtyeen vuonna 2002, ja Babamanian muut jäsenet päättivät olla ottamatta uutta virallista basistia mukaan. Se ei hidastanut yhtyeen vauhtia, sillä vielä saman vuoden aikana he esiintyivät monilla festivaaleilla ja tekivät jopa radio-ohjelmaa.
Babamania on julkaissut monia levyjä uransa aikana, tuoreimpana best of-albumi Bababest, josta tehtiin myös musiikkivideoita sisältävä DVD-versio.
