Melt-Banana aloitti aktiviteettinsa vuonna 1991, mutta bändi nimettiin vasta kaksi vuotta myöhemmin. Alkuperäisessä kokoonpanossa mukana olivat vokalisti-basisti Yako, kitaristi Agata, basisti Rika mm' ja rumpali Toshiaki Sudoh, joka päätyi lähtemään yhtyeestä vuonna 1997. Sudoh'n lähdöstä lähtien heillä on ollut soittajina vain sessiorumpaleita.
Ensimmäisen albumin äänitti Steve Albini vanhalla studiollaan Chicagossa. Levytyksen jälkeen yhtye esiintyi ensimmäistä kertaa Amerikassa, Chicagossa sijaitsevalla Lounge Ax -keikkapaikalla. Konsertti oli menestys.
Seuraavan albumin äänitti jälleen Albini, mutta hänen lisäkseen Jim O'Rourke miksasi levyn. Jälkeen päin he kiersivät Amerikkaa Mr. Bunglen kanssa. Vokalisti Yakon mukaan kokemus oli mahtava, sillä he eivät päässeet pelkästään tutustumaan lahjakkaisiin muuusikoihin, vaan myös soittamaan suuren yleisön edessä.
Vuoden 2003 kesäkuussa Melt-Banana aloitti kahdeksannen Amerikan kiertueensa, MELT-BANANA "cell-scape" US Tour 2003:n. Kiertueen aikana bändi julkaisi viidennen albuminsa cell-scapen A-ZAP Records -levy-yhtiön kautta.
Levyn julkaisemisen myötä he lähtivät neljännelle kiertueelleen Eurooppaan. MELT-BANANA "cell-scape" Euro tour -kiertueen aikana bändin mukana soitti heidän lempirumpalinsa Dave Witte (Burnt by the Sun). Kiertueen jälkeen yhtye matkusti Isoon-Britanniaan. Tuolloin heidät kutsuttiin vieraaksi Media Valen studioon John Peel -show'hun.
Vuonna 2004 Agata julkaisi ensimmäisen sooloalbuminsa, Spiken, joka sisälsi pääasiassa kitara- ja ääniefektejä ja instrumentaaleja. Vuoden 2005 toukokuussa Melt-Banana julkaisi kattavan 56-raitaisen singlekokoelma-albumin nimeltä 13 Hedgehogs. Talvella he kiersivät Euroopassa Saksaa, Hollantia, Tanskaa, Ruotsia, Sveitsiä ja Itävaltaa.
Vuoden 2007 aikana yhtyeen kuudes kokopitkä Bambi's Dilemma näki päivänvalon. Levyn nimi tuli siitä, kun bändi vahingossa ajoi peuran yli pakettiautolla kiertueensa aikana. Lokakuusta joulukuuhun he kiersivät ympäri Amerikkaa Bambi's Revenge Tour USA 2007 -kiertueella.
Huhtikuussa vuonna 2008 Melt-Banana piti lyhyen kiertueen Amerikassa Lou Reedin kanssa. He esiintyivät myös Meksikossa oneman-keikalla. Vuoden 2009 helmikuussa ilmoitettiin bändin lähtevän Euroopan-kiertueelle, jonka aikana he olisivat pysähtyneet Joensuun Ilosaarirockissa, mutta he joutuivat peruuttamaan kiertueensa.
Peruutuksesta huolimatta bändi palasi Ilosaarirockiin kaksi vuotta myöhemmin vuoden 2011 heinäkuussa, ja myöhemmin lähti Amerikkaan syksyllä. Kiertueen nimen Neko Nekon mukaisesti bändi otti mukaansa kissamaskotin, joka puhui faneille ja otti kuvia. Kuvia on nähtävillä Melt-Bananan virallisilla Facebook-sivuilla.
Kahden vuosikymmenen vahvan musiikillisen kokeilun ja jatkuvan keikkailemisen jälkeen Melt-Banana on jälleen kiertueella entistä vahvempana.
